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營利事業所得稅申報方式:

書面審核申報

係指公司因憑證不足或為免除國稅局查核之困擾等因素，縱使帳務結算後之純益率或淨利率低於財政部所頒部之擴大書審純益率或所得額標準、同業利潤標準率，亦同意在結算時將純益率或淨利率調整至財政部所頒部之標準申報。
優點：被調帳查核的機會較小。
缺點：收入金額大者稅賦相當可觀，且國稅局依法抽查企業帳簿證時，往往因帳簿記錄不全、憑證不足、或記載不符規定而核定補繳稅款，金額反而較依法結算申報應繳納之稅額高出很多。
　

查帳申報

書面審核申報方式又分:

擴大書面審核申報

係指凡全年營業收入淨額及非營業收入(不含土地及其定著物之交易增益暨依法不計入所得課稅之所得額)合計在新臺幣三千萬以下之營利事業，其年度結算申報，書表齊全，自行將公司申報之純益率調整至擴大書面審核純益率標準以上，並於申報期限截止前繳清應納稅款者。
其計算公式為： (營業收入淨額+非營業收入)×擴大書面審核純益率=課稅所得額
　

所得額標準或同業利潤標準申報

係指當公司全年營業收入淨額接近或超過3000萬，無法使用擴大書面審核申報時，公司在申報營利事業所得稅時自行將淨利率調整至財政部頒訂之所得額標準以上，國稅局得依所得稅法第80條之規定，其所得額以其原申報額為準。但如經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額之情事，或申報之所得額不及所得額之標準者，得再個別調查核定之。
其計算公式為：
（收入淨額×所得額標準(或同業利潤標準)）+非營業收入-非營業支出＝課稅所得額
註：營利事業製造或買賣多種不同之產品，稽徵機關核算其申報之所得額，是否已達到該業所得額標準，係按各種產品之銷貨收入，分別適用各該商品所得額標準計算；其所得額並以其合計數與申報所得額比較認定，如其不同商品之銷貨收入，未能於結算申報書上明確劃分者，即就其中最高之所得額標準核算認定。（財政部63/07/23台財稅第35377號函）
　

會計師簽證申報

係指公司之帳冊簿據完備，可做出詳細的成本記錄，收支正確，且憑證可供查對。其於年底結算，必須委託會計師簽證做成簽證報告書及備有查核記錄。
優點：藉由會計師的規劃與指導，能善用合法的節稅管道，避免繳交不合理的稅負；其交際費支出可列支限額較一般申報高(營利事業所得稅查核準則第80條)，且前十年虧損可於獲利年度自當年度純益額中扣除後，再行核課（虧損及扣除年度均經會計師簽證，所得稅法第39條），達到節稅效果，而國稅局抽核之比率也較低。
　

查帳申報:

一般

係指公司會計帳冊簿據完備，並依據本身會計帳簿記載，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。而所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其有不合規定者，應於申報書上自行調整，並據以申報納稅之一種方式。公司於申報後，國稅局得依所得稅法第80條之規定調閱帳冊並查核調整，納稅義務人亦應依所得稅法第83條之規定提供帳冊供國稅局查核，當納稅義務人所提供之資料有缺失或無法確實提供，國稅局即有權依所查得之資料或依同業利潤標準調整該公司之所得額，進而補稅或罰款。
優點：可核實課說，虧損亦即不用繳稅。
缺點：公司須將帳證準備齊全，以供稅捐稽徵機關調查，如果會計人員不熟悉稅法，可能因疏忽導致補稅送罰的後果。
　

成本依同業利潤標準毛利率申報

係指公司之成本表單、帳簿、憑證等之一部或全部無法做成完整之記錄及提示；或雖可編製相關成本表單，但因公司結算後之毛利率低於同業利潤毛利率，基於稅務考量，則於營業事業所得稅申報時將申報之毛利率調整至財政部頒部之『同業利潤毛利率標準』(即一般所稱之『成本逕(行)決(定)』) ，至於營業費用部分，仍可以核實認定。
其計算公式為：
(營業收入×同業利潤毛利率)-營業費用+非營業收入-非營業支出 =全年所得額

　綜上所述，公司可自行選擇適合公司自己本身之方式申報營利事業所得稅，並於每年5月31日前如期申報上一年度之所得額及繳納稅款，未依期限規定辦理結算申報者，國稅局將依所得稅法第79條之規定發出滯報通知書，限於接到滯報通知書之日起15日內補辦申報，若屆期仍未申報，國稅局將依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額及應納稅額。故公司之會計人員應隨時備好充足之稅法知識，並即時檢查公司帳冊及憑證之完整性，選擇適合公司之申報方式，並如期申報，以免受罰。